Diverse sono le sculture del XIV secolo provenienti da vari edifici sacri della città. Dalla chiesa del SS. Sacramento e da quella dedicata a Santa Margherita, oggi demolita, provengono rispettivamente un Crocifisso e un Cristo benedicente in pietra, mentre dalla chiesa di San Pietro, già richiamata, provengono una Madonna con il Bambino e un San Paolo. Altre opere provengono dalla cripta delle Lacrime della Cattedrale, sede originaria del primo nucleo del Museo, come la Vergine Annunciata, San Marcellino e la Madonna con il Bambino e i Santi Giovanni Battista e Evangelista; queste opere sono state restaurate in quanto danneggiate dai bombardamenti del 1° novembre del 1943 che hanno coinvolto l’intero transetto destro della Cattedrale di San Ciriaco.