Di grande interesse è la raccolta numismatica del Museo che va dal periodo greco-romano fino all’età contemporanea con le medaglie del Sinodo Diocesano sulla Famiglia (1984) e del Giubileo del 2000. Di interesse locale, ma non solo, sono l’Agontano in argento, moneta coniata dalla zecca di Ancona in un’epoca di autonomia politica ed economica, la medaglia in oro che commemora della battaglia di Lepanto (1571) con la riproposizione della flotta cristiana vittoriosa, quella realizzata nel 1581 dal Capocaccia in occasione della inaugurazione della Torre di Piazza con i Santi protettori di Ancona: Liberio, Ciriaco e Marcellino, quella realizzata per celebrare il progetto del Lazzaretto commissionato da Papa Clemente XII (1730-1740) all’architetto Luigi Vanvitelli e ancora quella commemorativa della elezione al pontificato del Papa marchigiano Pio IX al secolo Giovanni Maria Mastai Ferretti.