La prima sala è detta ‘sala delle origini’ poiché attraverso i vari reperti architettonici e scultorei presenti è possibile ripercorrere i momenti più salienti della storia delle origini del Cristianesimo ad Ancona, in particolare grazie alla presenza del Reliquiario di Santo Stefano da cui si avvia l’iter museografico. Il Reliquiario in rame dorato di fattura tardogotica contiene il famoso sasso-memoria del Protomartire Cristiano Stefano (36-37). Secondo il racconto di Sant’Agostino, pronunciato in occasione dell’omelia recitata nella Pasqua del 425, un mercante-marinaio ebreo anconetano, dopo aver assistito a Gerusalemme alla lapidazione del martire, raccolse uno dei sassi che avevano colpito Stefano e lo recò con sé nella sua città dove fu realizzato un sacello per la sua conservazione nella zona dell’altare della basilica paleocristiana dedicata, appunto, a Santo Stefano e prima Cattedrale di Ancona. Per tale motivo il Reliquiario è stato collocato nella prima sala a testimoniare il precoce avvento della notizia del Cristianesimo nella città subito dopo la resurrezione di Cristo, inserendosi nella comunità ebraica e in un contesto ancora paganeggiante di cui il Museo offre documentazione con il sarcofago del Giurista, un bassorilievo scolpito con le immagini di una cornucopia e di un genio alato, un capitello corinzio e un frammento di un frontone di tempio raffigurante una divinità marina rinvenuto nei pressi dell’anfiteatro romano cittadino.